In Cottbus befindet sich das größte Krankenhaus Brandenburgs mit 1.200 Betten und rund 2.500 Mitarbeitern und Auszubildenden. Das Carl-Thiem-Klinikum hat sich zu einem medizinischen Hochleistungszentrum entwickelt und steht für eine ausgezeichnete umfassende medizinische Versorgung. Mehr als 100.000 Patienten werden pro Jahr stationär und/oder ambulant behandelt. Das Sana-Herzzentrum Cottbus ist eine leistungsstarke, auf modernstem Niveau spezialisierte Fachklinik, in der jährlich mehr als 4.500 herzchirurgische und kardiologische Patienten stationär behandelt werden. Seit der ersten Operation am 7. Juni 1995 wurden bisher mehr als 35.000 Operationen am offenen Herzen realisiert. Damit gehört es zu den leistungsstärksten Herzzentren in den neuen Bundesländern. 

Neben zahlreichen Ärzten, darunter 12 Kinderärzte, findet man auch über 40 Apotheken verteilt über die ganze Stadt.